Un arrêt maladie qui dépasse 6 mois obéit à des règles propres : conditions d’ouverture de droits renforcées, durée d’indemnisation limitée, suivi par le service médical de l’Assurance Maladie, préparation de la reprise. Ces règles ont beaucoup changé en 2026 : durée des prescriptions plafonnée depuis le 1er septembre, indemnisation ramenée à un an pour certaines affections à compter du 15 octobre.
Qu’est-ce qu’un arrêt maladie longue durée ?
On parle d’arrêt de longue durée lorsque l’interruption de travail pour maladie dépasse 6 mois. À ce stade, le versement des indemnités journalières de la Sécurité sociale (IJSS) suppose l’accord du service médical de l’Assurance Maladie, et les conditions d’ouverture de droits sont plus strictes.
Distinction fondamentale
| Arrêt de 6 mois ou moins | Arrêt de plus de 6 mois |
|---|---|
| 150 heures de travail sur les 3 mois précédents, ou cotisations sur 1 015 fois le Smic horaire sur 6 mois | 12 mois d’affiliation, et 600 heures de travail sur les 12 mois précédents ou cotisations sur 2 030 fois le Smic horaire |
| 360 indemnités journalières au maximum par période de 3 ans | Affection de longue durée : indemnisation pendant 3 ans ou 1 an selon le cas (voir plus bas) |
| Délai de carence de 3 jours à chaque arrêt | Affection de longue durée : délai de carence retenu une seule fois pour les arrêts successifs liés à cette affection |
Salariés concernés
Tous les salariés du secteur privé peuvent être concernés, quels que soient le contrat et la durée du travail, dès lors qu’ils remplissent les conditions d’ouverture de droits. Le complément de salaire versé par l’employeur suppose, lui, un an d’ancienneté, sauf disposition conventionnelle plus favorable.
Durées d’indemnisation et limites
La durée d’indemnisation dépend de la nature de l’affection. Trois situations sont à distinguer depuis le décret n° 2026-866 du 16 septembre 2026.
La règle des 360 jours sur 3 ans
Dans le cas général, l’Assurance Maladie verse au maximum 360 indemnités journalières par période de 3 ans consécutifs, pour un ou plusieurs arrêts. La période de 3 ans est glissante : elle se calcule de date à date.
Toutes les journées indemnisées comptent, même pour des maladies différentes. Un salarié qui a déjà perçu 200 indemnités journalières sur les 3 dernières années ne peut plus en percevoir que 160 sur la même période.
Exception pour les ALD exonérantes
Les affections de longue durée (ALD) dites exonérantes sont prises en charge à 100 % sur la base des tarifs de la Sécurité sociale : affections de la liste fixée par décret (« ALD 30 »), affections graves hors liste et polypathologies invalidantes. Pour elles :
- Durée d’indemnisation : jusqu’à 3 ans, de date à date
- Nouvelle période de 3 ans : ouverte après une reprise du travail d’au moins un an
- Délai de carence : appliqué une seule fois, au premier arrêt lié à l’affection
ALD non exonérantes : un an au lieu de trois à compter du 15 octobre 2026
Une ALD non exonérante est une affection qui impose un arrêt de travail ou des soins de plus de 6 mois sans ouvrir droit à la prise en charge à 100 %. Jusqu’ici, elle donnait droit à 3 ans d’indemnisation, comme une ALD exonérante. Le décret du 16 septembre 2026 ramène cette durée à un an. Une nouvelle période d’un an s’ouvre après une reprise du travail d’au moins un an.
La nouvelle durée s’applique aux arrêts prescrits à compter du 15 octobre 2026, et aux arrêts en cours à cette date qui atteignent 6 mois après elle. Les assurés déjà reconnus en ALD non exonérante au 15 octobre 2026 conservent la durée de 3 ans jusqu’à son terme.
Que se passe-t-il après épuisement des droits ?
Lorsque la durée maximale d’indemnisation est atteinte, plusieurs issues existent selon l’état de santé du salarié :
- Reprise du travail : si l’état de santé le permet, éventuellement à temps partiel pour motif thérapeutique
- Pension d’invalidité : si la capacité de travail ou de gain reste durablement réduite, sur décision de la caisse d’assurance maladie
- Inaptitude : constatée par le médecin du travail, elle ouvre une recherche de reclassement puis, à défaut, un licenciement pour inaptitude
- Retraite : si les conditions d’âge et de durée d’assurance sont remplies
Réformes 2025 et 2026 : ce qui change
Deux séries de mesures se sont succédé : celles de 2025 sur le montant des indemnités et la sécurisation des arrêts, puis celles de la loi de financement de la sécurité sociale pour 2026 (loi n° 2025-1403 du 30 décembre 2025) et de ses décrets.
Les changements de 2025
1. Plafond des indemnités journalières abaissé (depuis le 1er avril 2025)
L’indemnité journalière est égale à 50 % du salaire journalier de base, calculé sur les 3 derniers salaires bruts. Depuis le 1er avril 2025, le salaire pris en compte est plafonné à 1,4 fois le Smic, contre 1,8 fois auparavant. Le montant maximal suit donc les hausses du Smic :
| Début de l’arrêt | Salaire mensuel maximal retenu | Indemnité journalière maximale |
|---|---|---|
| Du 1er février au 30 juin 2026 | 2 552,24 € brut | 41,95 € brut par jour |
| À compter du 1er juillet 2026 | 2 613,83 € brut | 42,97 € brut par jour |
Un salarié rémunéré au-delà de 1,4 Smic perçoit donc le montant maximal, quel que soit son salaire. Le complément de l’employeur ou de la prévoyance compense alors une part plus grande du salaire.
2. Formulaire papier sécurisé (depuis le 1er juillet 2025)
Lorsque l’arrêt n’est pas télétransmis, il doit être établi sur un formulaire Cerfa sécurisé, qui comporte sept points d’authentification (étiquette holographique, encre magnétique, etc.). Après une période de tolérance pendant l’été 2025, les anciens formulaires et les photocopies sont refusés depuis le 1er septembre 2025. Le détail figure dans notre article sur le nouvel arrêt de travail sécurisé.
Les changements de 2026
1. Durée des prescriptions plafonnée (depuis le 1er septembre 2026)
Le décret n° 2026-498 du 12 juin 2026 fixe la durée maximale d’un arrêt prescrit par un médecin, un chirurgien-dentiste ou une sage-femme : 31 jours pour une première prescription et 62 jours pour une prolongation. Ces plafonds s’appliquent aux prescriptions et prolongations établies à compter du 1er septembre 2026, y compris pour un arrêt commencé avant. Ils ne s’appliquent pas à Mayotte. Le prescripteur peut les dépasser s’il justifie sur l’avis d’arrêt que la situation du patient l’exige.
Pour un arrêt long, la conséquence est pratique : le salarié reçoit des prolongations plus fréquentes, que l’employeur doit enregistrer une à une.
2. Indemnisation des ALD non exonérantes réduite (à compter du 15 octobre 2026)
La durée maximale d’indemnisation passe de 3 ans à un an pour les affections de longue durée non exonérantes, dans les conditions décrites plus haut. Rien ne change pour les ALD exonérantes.
3. Visite de reprise : une dispense possible (arrêts délivrés depuis le 15 juin 2026)
La visite de reprise n’est plus requise si le salarié a bénéficié d’une visite de préreprise dans les 30 jours précédant son retour et si le médecin du travail a conclu qu’aucun aménagement du poste ou du temps de travail n’était nécessaire. Le salarié, l’employeur ou le médecin du travail peuvent toujours demander qu’elle ait lieu.
Droits et obligations des parties
Les droits du salarié
Protection contre le licenciement : l’état de santé ne peut pas motiver un licenciement. Deux situations restent possibles : des absences prolongées ou répétées qui désorganisent l’entreprise et imposent un remplacement définitif, ou une inaptitude constatée par le médecin du travail sans reclassement possible.
Congés payés : depuis la loi du 22 avril 2024, un arrêt pour maladie non professionnelle ouvre droit à 2 jours ouvrables de congés payés par mois, dans la limite de 24 jours ouvrables par période de référence. Les congés qui n’ont pas pu être pris sont reportés pendant 15 mois. L’employeur informe le salarié de ses droits dans le mois qui suit la reprise. Voir notre article sur l’acquisition de congés payés pendant un arrêt de travail.
Ancienneté et couverture complémentaire : sauf disposition conventionnelle plus favorable, la période d’arrêt pour maladie non professionnelle n’est pas prise en compte dans l’ancienneté. Le maintien de la mutuelle et de la prévoyance dépend de l’acte qui les met en place : en pratique, il est le plus souvent prévu tant que le salarié est indemnisé.
Indemnisation : indemnités journalières de la Sécurité sociale (50 % du salaire journalier de base, dans la limite de 42,97 € brut par jour pour un arrêt débutant à compter du 1er juillet 2026) et, sous conditions, complément de l’employeur.
Les obligations du salarié
- Transmettre l’arrêt dans les 48 heures : volets 1 et 2 à la caisse d’assurance maladie, volet 3 à l’employeur
- Respecter les heures de présence : si les sorties sont autorisées, présence au domicile de 9 h à 11 h et de 14 h à 16 h, sauf soins ou examens médicaux, à moins que le médecin n’ait autorisé les sorties libres
- S’abstenir de toute activité non autorisée par le médecin
- Se soumettre aux contrôles de l’Assurance Maladie et signaler à sa caisse tout séjour hors de son domicile
Les obligations de l’employeur
1. Verser les indemnités complémentaires
Le salarié qui justifie d’un an d’ancienneté, a transmis son arrêt dans les 48 heures, est pris en charge par la Sécurité sociale et est soigné en France ou dans l’Espace économique européen perçoit un complément de l’employeur. Les salariés à domicile, saisonniers, intermittents et temporaires en sont exclus. Le versement commence après un délai de carence de 7 jours pour une maladie non professionnelle.
| Ancienneté | 90 % de la rémunération brute | 66,66 % de la rémunération brute |
|---|---|---|
| De 1 à 5 ans | 30 jours | 30 jours |
| De 6 à 10 ans | 40 jours | 40 jours |
| De 11 à 15 ans | 50 jours | 50 jours |
| De 16 à 20 ans | 60 jours | 60 jours |
| De 21 à 25 ans | 70 jours | 70 jours |
| De 26 à 30 ans | 80 jours | 80 jours |
| 31 ans et plus | 90 jours | 90 jours |
Les indemnités journalières sont déduites de ces montants, et les jours déjà indemnisés par l’employeur au cours des 12 mois précédents sont décomptés de ces durées. Pour un arrêt long, le maintien légal s’arrête donc bien avant la fin de l’arrêt : la convention collective ou le contrat de prévoyance prennent souvent le relais.
2. Organiser la visite médicale de reprise
La visite de reprise est obligatoire après un arrêt d’au moins 60 jours pour maladie ou accident non professionnel, d’au moins 30 jours pour accident du travail, après toute maladie professionnelle et après un congé de maternité. L’employeur saisit le service de prévention et de santé au travail dès qu’il connaît la date de fin de l’arrêt. La visite a lieu le jour de la reprise et au plus tard dans les 8 jours calendaires qui suivent, sous réserve de la dispense décrite plus haut.
3. Informer le salarié du rendez-vous de liaison
Pour tout arrêt de plus de 30 jours, un rendez-vous de liaison peut être organisé entre le salarié et l’employeur, en associant le service de prévention et de santé au travail. L’employeur informe le salarié qu’il peut le demander. Le rendez-vous est facultatif : aucun reproche ne peut être fait au salarié qui le refuse.
Les Affections Longue Durée (ALD)
Le régime des ALD recouvre deux réalités qu’il ne faut pas confondre :
- ALD exonérantes : affections dont la gravité ou le caractère chronique imposent un traitement prolongé et coûteux. Les soins liés à l’affection sont pris en charge à 100 % sur la base des tarifs de la Sécurité sociale, et l’arrêt peut être indemnisé jusqu’à 3 ans.
- ALD non exonérantes : affections qui imposent un arrêt ou des soins de plus de 6 mois, sans prise en charge à 100 %. L’arrêt est indemnisé pendant un an au plus pour les arrêts relevant des règles applicables à compter du 15 octobre 2026.
Reconnaissance : le médecin traitant établit un protocole de soins, soumis à l’avis du médecin-conseil de l’Assurance Maladie.
La reprise du travail
La visite de préreprise est ouverte aux salariés en arrêt depuis plus de 30 jours. Elle peut être demandée par le salarié, le médecin traitant, le médecin-conseil ou le médecin du travail, et sert à préparer les aménagements nécessaires. À l’issue de la visite de reprise, le médecin du travail peut proposer des aménagements du poste ou du temps de travail, ou constater une inaptitude, qui oblige l’employeur à rechercher un reclassement.
Le temps partiel pour motif thérapeutique permet une reprise progressive. Il est prescrit par le médecin et suppose l’accord de l’employeur ; un arrêt à temps complet préalable n’est plus exigé. Le salarié perçoit son salaire pour les heures travaillées et, si la caisse d’assurance maladie donne son accord, des indemnités journalières.
Questions fréquentes
Puis-je être licencié pendant un arrêt maladie longue durée ?
Pas en raison de votre état de santé. L’employeur peut toutefois licencier si vos absences prolongées ou répétées désorganisent l’entreprise et rendent nécessaire votre remplacement définitif par une embauche en CDI. Un licenciement pour inaptitude est aussi possible si le médecin du travail vous déclare inapte et qu’aucun reclassement n’est possible. En cas d’accident du travail ou de maladie professionnelle, la protection est renforcée.
Que se passe-t-il quand j’épuise mes 360 jours d’indemnisation ?
Le versement des indemnités journalières s’arrête tant que la limite de 360 indemnités sur 3 ans est atteinte. Selon votre état de santé, vous pouvez reprendre le travail, le cas échéant à temps partiel thérapeutique, demander une pension d’invalidité à votre caisse, ou être déclaré inapte par le médecin du travail. Mieux vaut préparer cette échéance plusieurs mois à l’avance avec votre médecin traitant et le service de santé au travail.
Mon employeur doit-il me verser un complément aux indemnités de la Sécurité sociale ?
Oui, si vous avez au moins un an d’ancienneté et avez transmis votre arrêt dans les 48 heures. Après 7 jours de carence, vous percevez 90 % de votre rémunération brute pendant 30 jours, puis 66,66 % pendant 30 jours, indemnités journalières déduites. Chaque durée augmente de 10 jours par tranche de 5 ans d’ancienneté, dans la limite de 90 jours chacune. Votre convention collective peut prévoir mieux.
L’essentiel à retenir
Un arrêt de plus de 6 mois se pilote dans la durée : 360 indemnités journalières sur 3 ans dans le cas général, 3 ans pour une ALD exonérante, un an pour une ALD non exonérante à compter du 15 octobre 2026. Le plafond des indemnités (42,97 € brut par jour) et la durée limitée du maintien de salaire légal rendent la convention collective et la prévoyance déterminantes.
Côté employeur, trois réflexes : suivre les prolongations, désormais limitées à 62 jours, proposer le rendez-vous de liaison après 30 jours d’arrêt, et organiser la visite de reprise à temps. Pour une situation particulière, la caisse d’assurance maladie, le service de santé au travail et la convention collective restent les références.
Sources et références
- Décret n° 2026-866 du 16 septembre 2026 relatif à la durée maximale dérogatoire d’indemnisation pour arrêt de travail – Légifrance
- Décret n° 2026-498 du 12 juin 2026 relatif au plafonnement de la durée des arrêts de travail – Légifrance
- Indemnisation en cas d’arrêt maladie : ce qui change au 15 octobre 2026 – Code du travail numérique
- Arrêt de travail pour maladie : les indemnités journalières du salarié – Ameli.fr
- Arrêt de travail long, supérieur à 6 mois – Ameli.fr
- Arrêt de travail pour maladie : démarches et obligations – Ameli.fr
- Arrêt maladie : indemnités journalières et complément de l’employeur – Service-Public.fr
- Visite médicale de reprise du travail – Service-Public.fr
- Congés payés du salarié – Service-Public.fr
- Licenciement d’un salarié en arrêt maladie – Service-Public.fr
- Article L1226-1-3 du Code du travail (rendez-vous de liaison) – Code du travail numérique
- Articles R4624-31 à R4624-33 du Code du travail (visite de reprise) – Légifrance
Sources vérifiées le 11 octobre 2026. Les montants suivent l’évolution du Smic : vérifiez-les sur les sites officiels avant de les appliquer.
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